> ## Documentation Index
> Fetch the complete documentation index at: https://wb-21fd5541-dependabot-submodules-dot-claude-85784ca.mintlify.site/llms.txt
> Use this file to discover all available pages before exploring further.

# Molecule

export const GitHubLink = ({url}) => <a href={url} target="_blank" rel="noopener noreferrer" className="github-source-link">
    <svg width="20" height="20" viewBox="0 0 24 24" fill="currentColor" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg">
      <path d="M12 0C5.37 0 0 5.37 0 12c0 5.31 3.435 9.795 8.205 11.385.6.105.825-.255.825-.57 0-.285-.015-1.23-.015-2.235-3.015.555-3.795-.735-4.035-1.41-.135-.345-.72-1.41-1.23-1.695-.42-.225-1.02-.78-.015-.795.945-.015 1.62.87 1.845 1.23 1.08 1.815 2.805 1.305 3.495.99.105-.78.42-1.305.765-1.605-2.67-.3-5.46-1.335-5.46-5.925 0-1.305.465-2.385 1.23-3.225-.12-.3-.54-1.53.12-3.18 0 0 1.005-.315 3.3 1.23.96-.27 1.98-.405 3-.405s2.04.135 3 .405c2.295-1.56 3.3-1.23 3.3-1.23.66 1.65.24 2.88.12 3.18.765.84 1.23 1.905 1.23 3.225 0 4.605-2.805 5.625-5.475 5.925.435.375.81 1.095.81 2.22 0 1.605-.015 2.895-.015 3.3 0 .315.225.69.825.57A12.02 12.02 0 0024 12c0-6.63-5.37-12-12-12z" />
    </svg>
    GitHub のソース
  </a>;

<GitHubLink url="https://github.com/wandb/wandb/blob/main/wandb/sdk/data_types/molecule.py#L28" />

## <kbd>クラス</kbd> wandb.Molecule

```python theme={null}
data_or_path: 'str | pathlib.Path | TextIO',
caption: 'str | None' = None, **kwargs: 'str'
```

3D分子データ用のW\&Bクラスです。

<div id="args">
  ## 引数
</div>

* `data_or_path`: Molecule は、ファイル名または io object から初期化できます。
* `caption`: 分子 の表示用キャプション。
* `kwargs`:

<div id="methods">
  ## メソッド
</div>

### <kbd>メソッド</kbd> Molecule.from\_rdkit()

```python theme={null}
data_or_path: 'RDKitDataType',
caption: 'str | None' = None,
convert_to_3d_and_optimize: 'bool' = True,
mmff_optimize_molecule_max_iterations: 'int' = 200
```

RDKit がサポートする file/object タイプを wandb.Molecule に変換します。

<div id="arguments">
  ##### 引数
</div>

* `data_or_path`: (string, rdkit.Chem.rdchem.Mol) Molecule は、ファイル名または `rdkit.Chem.rdchem.Mol` オブジェクトから初期化できます。
* `caption`: (string) 表示用に分子に関連付けられたキャプションです。
* `convert_to_3d_and_optimize`: (bool) 3D 座標を持つ `rdkit.Chem.rdchem.Mol` に変換します。これは計算コストの高い処理であり、複雑な分子では時間がかかる場合があります。

### <kbd>メソッド</kbd> Molecule.from\_smiles()

```python theme={null}
data: 'str',
caption: 'str | None' = None,
sanitize: 'bool' = True,
convert_to_3d_and_optimize: 'bool' = True,
mmff_optimize_molecule_max_iterations: 'int' = 200
```

SMILES文字列をwandb.Moleculeに変換します。

<div id="arguments">
  ##### 引数
</div>

* `data`: SMILES 文字列。
* `caption`: 分子に関連付けられた表示用キャプション。
* `sanitize`: RDKit の定義に基づいて、分子が化学的に妥当かどうかを確認します。
* `convert_to_3d_and_optimize`: 3D 座標を持つ `rdkit.Chem.rdchem.Mol` に変換します。これは計算負荷の高い操作であり、複雑な分子では時間がかかる場合があります。
